Chiamata anticamente Ninea, fondata dagli enotri anteriormente alle colonie greche, S. Donato di Ninea ha assunto l'attuale nome il 18 febbraio 1864.

Il nome di Ninea ricorre già in un frammento della "Descrizione della Terra" di Ecateo da Mileto, storico e geografo greco vissuto tra il 560 e il 490 a.C.

Il Barrio ha ritenuto di poter identificare nell'attuale S. Donato di Ninea l'antica città di Ninea. Il primo nucleo storico è stato fondato nella parte più bassa del paese.

Successivamente alle invasioni turche e saracene per migliorare la possibilità di difesa gli abitanti si spostarono nel punto più alto a 800 m.s.l.m., dove è nata l'attuale S. Donato di Ninea.

Infeudato per la prima volta a Filippo Bretau, nel 1278 passò a Gerardo d' Arena, che lo mantenne fino al 1310, anno in cui venne assegnato a Filippo Tardo da Pistoia.

Aggregato allo Stato dei Sanseverino di Bisignano, nel 1571 venne smembrato a un ramo cadetto della famiglia che nel 1598 vi incardinava il titolo di marchese e, nel 1602, quello di duca. Passò poi agli Ametrano, che lo mantennero dal 1663 al 1732. Successivamente entrò, per successione femminile, nei domini dei Cavalcanti che governarono il feudo dal 1732 al 1764.

Ancora per successione femminile passò ai Sanbiase che lo mantennero fino al 1780. In quello stesso anno lo acquistò la famiglia Campolongo i cui eredi lo mantennero fino all' eversione della feudalità.

L' ordinamento amministrativo disposto dai francesi per legge 19 gennaio 1807 ne fece un Luogo, ossia Università, nel cosiddetto Governo di Lungro. Nel riordino, disposto per decreto 4 maggio 1811, istitutivo dei Comuni e dei Circondari gli venne assegnata la frazione di Policastrello e venne posto nella giurisdizione di Mottafollone. Per il nuovo assetto, dato dal Borbone per legge datata I maggio 1816, venne trasferito nel circondario di San Sosti. Assunse l' attuale denominazione San Donato di Ninea il 18 febbraio 1864.